自理報關是指由進出口貨物收發(fā)人自行辦理報關業(yè)務，根據(jù)我國海關目前的規(guī)定，進出口收發(fā)貨人必須依法向海關注冊登記后才能辦理報關業(yè)務。

總的來說，自理報關企業(yè)需要進行網(wǎng)上錄入、申報、查詢、打印報關單，以及網(wǎng)上查詢海關回執(zhí)等操作。

1、自理報關單位錄入業(yè)務流程：

(1)自理報關單位持“報關單錄入”操作員卡的操作員進入中國電子口岸“報關單錄入”界面，可先下載本企業(yè)征免稅證明、加工貿(mào)易手冊或加工區(qū)備案清單后，脫機錄入報關單數(shù)據(jù)(數(shù)據(jù)暫存在本地數(shù)據(jù)庫);

(2)錄入并提交后將錄入的報關單數(shù)據(jù)信息上載到數(shù)據(jù)中心，進入自理報關審核申報業(yè)務流程;

2、自理報關審核申報業(yè)務流程：

自理報關單位持“報關單審核申報”操作員卡的操作員進入中國電子口岸的“報關單審核申報”界面，對報關單的邏輯性、填報的規(guī)范性進行審核，確保報關單可以向海關進行申報。

若審核不通過，則需要將報關單下載到本地進行修改，修改后的報關單需重新上載到數(shù)據(jù)中心，并且需要重新進行審核。

審核通過后進入自理報關申報確認業(yè)務流程;

3、自理報關申報確認業(yè)務流程：

(1)自理報關單位持“報關單申報確認”操作員卡的企業(yè)管理人員進入中國電子口岸“報關單申報確認”界面，對報關單進行確認申報操作，經(jīng)“申報確認”后的報關單通過公共數(shù)據(jù)中心傳到海關內(nèi)部網(wǎng)。

如果申報確認時認為報關單的填制不符合邏輯，需要將報關單數(shù)據(jù)下載到本地進行修改，修改完畢之后需要將數(shù)據(jù)重新上載到數(shù)據(jù)中心，并且重新進行審核和申報確認。

(2)自理報關單位打印出經(jīng)海關審核通過的報關單，并攜帶其他單證去海關辦理其他通關手續(xù)。

代理報關業(yè)務流程：

進出口商向海關報關時，需提交以下單證：進出口貨物報關單。一般進口貨物應填寫一式二份；需要由海關核銷的貨物，如加工貿(mào)易貨物和保稅貨物等，應填寫專用報關單一式三份；貨物出口后需國內(nèi)退稅的，應另填一份退稅專用報關單。

貨物發(fā)票。要求份數(shù)比報關單少一份，對貨物出口委托國外銷售，結(jié)算方式是待貨物銷售后按實銷金額向出口單位結(jié)匯的，出口報關時可準予免交。

陸運單、空運單和海運進口的提貨單及海運出口的裝貨單。海關在審單和驗貨后，在正本貨運單上簽章放行退還報關貢，憑此提貨或裝運貨物。

貨物裝箱單。其份數(shù)同發(fā)票。但是散裝貨物或單一品種且包裝內(nèi)容一致的件裝貨物可免交。

出口收匯核銷單。一切出口貨物報關時，應交驗外匯管理部門加蓋"監(jiān)督收匯"章的出口收匯核銷單，并將核銷編號填在每張出口報關單的右上角處。

海關認為必要時，還應交驗貿(mào)易合同、貨物產(chǎn)地證書等。

其它有關單證：

（1）經(jīng)海關批準準予減稅、免稅的貨物，應交海關簽章的減免稅證明，北京地區(qū)的外資企業(yè)需另交驗海關核發(fā)的進口設備清單；

（2）已向海關備案的加工貿(mào)易合同進出口的貨物，應交驗海關核發(fā)的"登記手冊"。

代理報關是相對于自理報關來說的，兩者都是針對進出口貨物報關來講的。

代理報關又分為直接代理報關和間接代理報關。

直接代理報關是指報關企業(yè)接受委托人的委托，以委托人的名義辦理報關業(yè)務的行為。

間接代理報關是指報關企業(yè)接受委托人的委托，以報關企業(yè)自身的名義向海關辦理報關業(yè)務的行為。

有權(quán)辦理代理報關的企業(yè)應具備的資格：取得報關企業(yè)注冊登記許可在海關注冊登記。

自理報關與代理報關的區(qū)別：

自理報關：假如你公司有自營進出口權(quán)，并且在海關有注冊登記，另外你公司有自己的報關員，那么報關員就可以自行前往海關報關。

代理報關：如果你公司有自營進出口權(quán)，并且在海關有注冊登記，但是你公司沒有自己的報關員，那么你公司就需要委托其他擁有報關資質(zhì)的專業(yè)報關公司(報關行)代理報關，一般都是以貴司的名義去向海關申報，只不過去報關的是報關行的報關員，你需要支付代理報關費。